It’s complicated

• Python versie (2 vs 3, 3.n vs 3.n+1)
• apt packages vs pip packages
• Systeembreed vs user vs project

Best practices

• Systeembreed? Gebruik enkel distro package manager
  • Kan verouderde versie zijn!
• Specifiek voor gebruiker, bv. pip install --user ...
  • Wordt nu vaak uitgeschakeld!
• Per project? Gebruik een virtuele omgeving (venv)

hogent@LinuxGUI:~$ pip install --user numpy
error: externally-managed-environment

× This environment is externally managed
╰─> To install Python packages system-wide, try apt install
    python3-xyz, where xyz is the package you are trying to
    install.
    ...
hint: See PEP 668 for the detailed specification.

Virtuele omgeving

• Binnen project-directory
• “Afgeschermde” Python omgeving
  • Python-versie
  • Package mgmt met pip
  • Packages met specifieke versies
• Toepassing van environment variables

Aan de slag

• Zorg dat python3-venv package geïnstalleerd is
  • sudo apt install python3-venv
• Maak een directory voor je project
  • Voeg Python code toe
• Maak een virtuele omgeving aan
  • python3 -m venv .venv

Voorbeeldcode

• Sla op als penguins.py
• Let op de shebang!
• Deps: Seaborn, scikit-learn

#! /usr/bin/env python3
import seaborn as sns
from sklearn.linear_model import LinearRegression

# Load the Palmer Penguins demo dataset
penguins = sns.load_dataset('penguins')
# Select only needed colums and drop NaNs
df_flipper_mass = penguins[['flipper_length_mm', 'body_mass_g']].dropna()

# Build linear regression model
lm_flipper_mass = LinearRegression().fit(
    df_flipper_mass[['flipper_length_mm']].values,
    df_flipper_mass[['body_mass_g']].values)

# Print regression line coefficients
print(f"Regression line: mass = %.4f + %.4f x fl_length" %
      (lm_flipper_mass.intercept_[0], lm_flipper_mass.coef_[0,0]))

Virtuele omgeving aanmaken

hogent@LinuxGUI:~/penguins$ chmod +x penguins.py
hogent@LinuxGUI:~/penguins$ ls -l
total 4
-rwxr-xr-x 1 hogent users 1126 Oct 15 12:57 penguins.py
hogent@LinuxGUI:~/penguins$ python3 -m venv .venv

Inhoud .venv

• bin/: Python interpreter, pip, …
  • activate script (bekijk de inhoud!)
• lib/, lib64/: Python libraries

hogent@LinuxGUI:~/penguins$ ls .venv/
bin  include  lib  lib64  pyvenv.cfg
hogent@LinuxGUI:~/penguins$ ls .venv/bin/
activate  activate.csh  activate.fish  Activate.ps1  pip  pip3  pip3.13  python  python3  python3.13
hogent@LinuxGUI:~/penguins$ ls .venv/lib/python3.13/site-packages/
pip  pip-25.1.1.dist-info

Activatie

hogent@LinuxGUI:~/penguins$ source .venv/bin/activate
(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ which python3
/home/hogent/penguins/.venv/bin/python3
(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ which pip
/home/hogent/penguins/.venv/bin/pip

Let op het source command!

Probeer het script uit!

(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ mkdir output
(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ ./penguins.py
Traceback (most recent call last):
  File "/home/hogent/penguins/penguins.py", line 6, in <module>
    import seaborn as sns;
    ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
ModuleNotFoundError: No module named 'seaborn'

Dependencies installeren

(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ pip install seaborn scikit-learn
Collecting seaborn
[...veel output weggelaten...]
Successfully installed ...

Probeer opnieuw

(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ ./penguins.py
Regression line: mass = -5780.8314 + 49.6856 x fl_length
(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ ls -l output/
total 84
-rw-r--r-- 1 hogent users 83224 Oct 15 13:30 penguins_flipper_mass.png

Reproduceerbaarheid

(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ pip freeze > requirements.txt
(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ nano requirements.txt

Syntax requirements.txt:

• package==versie
• package>=versie
• package>=versie,<versie

Test reproduceerbaarheid

Verwijder de virtuele omgeving:

(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ deactivate
hogent@LinuxGUI:~/penguins$ rm -rf .venv
hogent@LinuxGUI:~/penguins$ rm output/*
hogent@LinuxGUI:~/penguins$ tree
.
├── output
├── penguins.py
└── requirements.txt

2 directories, 2 files

Bouw opnieuw

hogent@LinuxGUI:~/penguins$ python3 -m venv .venv
hogent@LinuxGUI:~/penguins$ source .venv/bin/activate
(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ pip install -r requirements.txt
(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ ./penguins.py 
Regression line: mass = -5780.8314 + 49.6856 x fl_length
(.venv) hogent@LinuxGUI:~/penguins$ tree
.
├── output
│   └── penguins_flipper_mass.png
├── penguins.py
└── requirements.txt

2 directories, 3 files

Reproduceerbaarheid in Docker

Creeer een Dockerfile:

# Running a Python application with dependencies in a Docker container
FROM python:3.13-slim

ENV VIRTUAL_ENV=/opt/venv
RUN python3 -m venv "${VIRTUAL_ENV}"
ENV PATH="${VIRTUAL_ENV}/bin:${PATH}"

# Install dependencies:
COPY requirements.txt .
RUN pip install -r requirements.txt

# Run the application:
COPY penguins.py .
CMD [ "python", "penguins.py" ]

Build & run

(verwijder eerst opnieuw .venv/ en de inhoud van output/)

hogent@LinuxGUI:~/penguins$ docker build -t local:penguins-app .
[...veel output weggelaten...]
hogent@LinuxGUI:~/penguins$ docker run --rm -v "${PWD}/output":/app/output local:penguins-app
Regression line: mass = -5780.8314 + 49.6856 x fl_length
hogent@LinuxGUI:~/penguins$ tree
.
├── Dockerfile
├── output
│   └── penguins_flipper_mass.png
├── penguins.py
└── requirements.txt

2 directories, 4 files